A Regional de Presidente Prudente foi instalada oficialmente em 15 de julho de 1996, em reunião presidida pela professora Darcy Bôscoli, com a presença do deputado estadual Mauro Bragato e da então presidente da Apampesp, professora Zilda Halben Guerra. Desde o início, destacou-se pelo trabalho pioneiro de mobilização dos professores aposentados na região, liderado por um grupo de professoras comprometidas com a defesa da categoria. Na reunião de inauguração, foi aclamado como primeiro Diretor Regional o professor Reinaldo Lourenço Siqueira.

O imóvel próprio da Sede Regional foi inaugurado em 5 de dezembro de 2003 e localiza-se na Rua Tenente Nicolau Maffei, 1030, Centro, em Presidente Prudente. No dia 5 de agosto de 2022, a Apampesp escreveu mais um capítulo importante em sua história com a inauguração da nova Sede Regional de Presidente Prudente. Em uma iniciativa da Diretoria Executiva da Entidade, presidida pela professora Walneide Romano, a nova Sede é parte do compromisso da gestão Unir, Renovar & Crescer em preservar o patrimônio da Associação e oferecer uma melhor estrutura de atendimento aos associados.

Atualmente abrange, além de Prudente, outros 24 municípios envolvendo grande extensão territorial, desde Rancharia até Presidente Epitácio, chegando ao Pontal do Paranapanema. De 2003 a 2022, teve como dirigente regional a professora Marinez Vian Bisacchi. Em 1º de janeiro de 2023, tomou posse a atual diretoria, composta da seguinte forma: Naíde Videira Braga, como dirigente regional; Railda Barreto, como vice-dirigente; Maria Catarina Donzelli Pereira, como secretária; e Francisca de Freitas Oliveira, como tesoureira.