A história da Apampesp em Botucatu começou no ano 2000, quando representantes das regionais de Bauru e de São Paulo se reuniram com professores aposentados da cidade, ficando as raízes da Entidade na região. Após o encontro, formou-se uma comissão composta por dez pessoas, encabeçada pelo professor Milton Ribeiro Teixeira. O grupo ficou encarregado de erguer a Apampesp na região. E eis que em agosto de 2001, delineou-se a primeira gestão da subsede regional de Botucatu, tendo como representante o coordenador da comissão, como tesoureiro o professor Manuel Nascimento e como secretário o professor Mozart Morais.

Inicialmente, como ainda não havia um local definido para a subsede, os professores eram recebidos no então Círculo Operário de Botucatu. Anos depois, instalaram-se no atual espaço que fica na Avenida Dom Lúcio, 385 – Vila Padovan.

Atualmente, a equipe de trabalho está composta da seguinte maneira: como coordenador, o professor José Ferrucio Varoli Aria; como tesoureira a professora Mariuza de Carvalho; e como colaboradora Simone Passaroni.

Cidades vinculadas à Subsede de Botucatu:

Areiópolis, Bofete, Conchas, Itatinga, Pardinho, Pereiras, Porangaba, São Manuel, São Pedro.